L’hydrographie du Sud-Kivu est particulièrement abondante. On y rencontre deux lacs de montagne, situés dans un environnement féerique : le lac Kivu qui, avec ses 1.470 mètres, est le plus profond de l’Afrique, et le deuxième du monde après le russe Baïkal (1.741 m), et le lac Tanganyika (773 m) – les deux étant reliés par la rivière Ruzizi. Le lac Tanganyika est très poissonneux, contrairement, au lac Kivu, suite à la présence des gaz carbonique et méthane.
Les cours d’eau du Sud-Kivu appartiennent au bassin hydrographique du fleuve Congo. La plupart de ces cours d’eau prennent leur source dans les montagnes de l’Est et coulent pour la plupart vers l’Ouest où ils débouchent dans le fleuve Lualaba, d’autres se jettent dans les lacs.
